Заслуженный декан ТГУ, профессор кафедры прикладной информатики, действительный член Международной академии информатизации, Почётный работник высшего профессионального образования.

В 1969 году защитил кандидатскую диссертацию в области обработки данных в системах специального назначения. В возрасте 28 лет стал заведующим кафедрой статистической радиофизики и общей теории связи, с тех пор в течение тридцати лет руководил кафедрами теоретической кибернетики факультета прикладной математики и кибернетики, экономической кибернетики экономического факультета, прикладной информатики факультета информатики.

Борисом Афанасьевичем и его учениками был организован ряд кафедр и научных лабораторий, образовавших в 1986 году учебно-научный комплекс «Информатика», реорганизованный в 1992 году в факультет информатики ТГУ. Борис Афанасьевич Гладких являлся деканом факультета с момента его образования до 2004 года.

В 1985–1990 гг. — главный конструктор АСУ Государственного комитета СССР по высшему образованию, с 1996 г. — советник мэра г. Томска по информатизации.

Курсы, которые читает профессор Гладких в ТГУ: исследование операций и компьютерное моделирование. Научные интересы Бориса Афанасьевича связаны с автоматизированными системами управления, проблемами имитационного моделирования.